El proceso de gestación y fundación definitiva de la Universidad del Norte tuvo lugar entre 1959 y 1966, en medio de un ambiente de crecimiento económico y progreso que se vivía Barranquilla.

Un grupo de dirigentes empresarios, liderados por Karl C. Parrish, en representación de la Asociación Nacional de Industriales (Andi), la Fundación Barranquilla, hoy Fundación Mario Santo Domingo, y el Instituto Colombiano de Administración (Incolda), suscribieron el acta que la constituyó como centro de educación superior el 24 de enero de 1966.

El 11 de julio de 1966, la universidad inició sus labores académicas con 58 estudiantes y 10 profesores para los ciclos básicos de Administración de Empresas e Ingeniería.

En 1970 recibe aprobación para desarrollar en su totalidad el programa de Administración de Empresas. También se logró la aprobación del programa de Psicología, uno de los primeros en el país. La Universidad contaba entonces con 1027 alumnos.

En 1973 se inaugura oficialmente la ciudadela universitaria en el kilómetro 5 de la carretera a Puerto Colombia, gracias al apoyo económico de numerosas empresas que se unieron al esfuerzo.

Durante los años siguientes hasta 1980, se creó la División de Ciencias de la Salud con la apertura de los programas de Medicina y de Enfermería; el programa de Educación Preescolar; el Centro de Investigaciones de la Universidad del Norte, CIUN; el ministerio aprobó el programa de Psicología y se concedió licencia para el programa de Educación Preescolar.

Para esta época, funcionaban los programas de Administración de Empresas y Tecnología, Relaciones Industriales y Análisis de Costos, Medicina, y las Ingenierías Mecánica e Industrial. Además, inicia el programa de Ingeniería Civil. Asimismo hubo gran crecimiento de la planta física.

En 1980 toma la rectoría Jesús Ferro Bayona, con quien inicia un período de consolidación de la institución a nivel de programas académicos, en cuanto a pregrados, maestrías y doctorados. Asimismo, se empiezan a gestar los procesos de acreditación nacional e internacional, y convenios con universidades pares de todo el mundo.

Ya para 1993 se contaba con once programas de pregrado, seis maestrías y cinco especializaciones, asimismo la universidad inicia la construcción de la Biblioteca Central.

Para la Universidad del Norte, 1994 se constituye en un año crucial, ya que el ICFES y Colciencias la aprueban como nodo regional en Barranquilla de la red CETCOL (Ciencia, Educación y Tecnología de Colombia) para tener acceso a la red mundial Internet. Adicionalmente, se firma un convenio de cooperación académica y científica con la Universidad de Mainz, Alemania. También, un convenio con la Universidad París XII Val-de-Marne, con el fin de fortalecer la maestría en Desarrollo Social y obtener simultáneamente el título estatal francés en educación y lograr su acreditación a nivel internacional.

El 21 de agosto de 1997 se llevó a cabo la inauguración oficial de la nueva sede del Instituto de Idiomas, conformada por tres bloques de dos pisos cada uno, construidos en un área de 2914 m2. El instituto cumple con las funciones de docencia, investigación y servicios, mediante los programas internos en los niveles de pregrado y posgrado, así como programas externos dirigidos a profesionales, empresas y a la comunidad en general. Dentro del nivel de formación avanzada, el instituto ofrece, desde 1995, la Especialización en la Enseñanza del Inglés, con la colaboración del Departamento de Inglés de la Universidad de Liverpool, Inglaterra, por medio de un convenio que cuenta con el auspicio del Consejo Británico.

El 23 de octubre de 1997 se llevó a cabo la inauguración de la primera etapa del Hospital Universidad del Norte, una Institución Prestadora de Servicios de Salud, IPS, constituida para brindar asistencia en salud, con un enfoque en medicina familiar, a las poblaciones de escasos recursos de Soledad y Barranquilla, así como para ofrecer apoyo, gracias a su naturaleza docente-asistencial, a los procesos de formación académica e investigativa del Alma Máter.

El 4 de febrero de 1998 la Universidad del Norte celebró los 25 años de labores en el campus con una ceremonia ecuménica. Al acto asistieron los representantes de las iglesias Católica, Hebrea, Presbiteriana y Evangélica.

El Consejo Nacional de Acreditación, CNA, acreditó en 1999 el programa de Ingeniería Industrial, convirtiéndose en el primer programa de pregrado en ser acreditado en la costa, y el segundo en esta área a escala nacional.

El Gobierno nacional otorgó, en agosto de 1999, la Medalla Luis López de Meza y un pergamino a la Universidad del Norte, acreditándola como una de las mejores universidades del país. El reconocimiento lo hizo el presidente de la república, Andrés Pastrana Arango, por los altos niveles de calidad educativa alcanzados.

En septiembre del 2000 se inauguró la segunda etapa del Hospital Universidad del Norte, proyecto de gran impacto social que ha beneficiado a más de 100 mil personas de los estratos 1, 2 y 3. Esta segunda etapa comprende la sala materno-infantil, atención integral a la mujer embarazada y un área de neonatología.

En el año 2000 obtuvo la acreditación de los programas de Ingeniería Mecánica, Medicina y Psicología, se llevó a cabo la primera edición de la Cátedra Fulbright y se desarrollaron nuevos programas de posgrados, entre ellos la especialización en Estudios Político-Económicos y de Interventoría de Proyectos de Ingeniería.

En el 2001 se inauguró el nuevo Coliseo Cultural y Deportivo, uno de los mejores del país. Ese mismo año, abrió el programa de Economía, en 2002 inicia el programa de Relaciones Internacionales.

En 2002 se creó el programa de becas Roble Amarillo, que en su primera entrega benefició a 40 estudiantes de escasos recursos. El programa se convirtió en la apuesta institucional para promover una verdadera transformación social sustentada en la educación. 

El 20 de noviembre de 2003 la Universidad recibió la Acreditación Institucional por parte del Ministerio de Educación. Esta es la máxima distinción que se otorga a las instituciones de educación superior en términos de calidad.

En 2003 también se crean el Instituto para el Desarrollo Sostenible, el Observatorio de la Calidad de la Educación y la Oficina del Egresado.

En 2004 se lanzan nuevos pregrados: Negocios Internacionales y Diseño Industrial. También se crea la Oficina de Cooperación Internacional (OCI) como apoyo para estudiantes, profesores, funcionarios y egresados en sus aspiraciones de intercambios académicos.

En 2006, en la celebración de los 40 años de la institución, se inauguró el Edificio Álvaro Jaramilo Vengoechea. Ese mismo año inició el pregrado de Diseño Gráfico.

En 2007 se lanza el pregrado en Ciencia Política, así como el doctorado en Ciencias Sociales y la maestría en Derecho.

Con 12 estudiantes, en 2008 inicia el pregrado de Matemáticas. Además, la oferta académica de la institución se consolida en Santa Marta con la apertura de las oficinas en esa ciudad, centrada en programas de extensión y posgrados.

En 2010 arrancó el programa de Música, con tres énfasis: guitarra, canto y piano.

Los seis programas de Ingenierías recibieron la acreditación internacional ABET en 2010. En ese mismo año la universidad recibe la renovación de la acreditación institucional por parte del Ministerio de Educación.

En 2011, se abren los doctorados en Ciencias del Mar y en Comunicación; este último fue el primero en su área a nivel nacional. El Programa de Inglés del Instituto de Idiomas fue acreditado por la Commission on English Language Program Accreditation.

El programa de Contaduría Pública fue presentado a la comunidad en noviembre de 2012.

En 2012 se inaugura el Edificio Julio Muvdi, que integra espacios para los pregrados de Arquitectura, Diseño Gráfico y Diseño Industrial.

En 2013 se inaugura el Edificio de Ingenierías, que cuenta con un diseño sostenible. Esta construcción de primera calidad mantiene un diseño pedagógico concebido para cuidar los principios básicos de confort, accesibilidad, ruido e iluminación.

El 29 de noviembre de 2014 la universidad presentó el programa de Filosofía y Humanidades.

En 2015 se presentan los pregrados en Geología y Odontología

En 2016 la universidad, por medio del programa Ecocampus, se integra a la alianza mundial Universidades por el Medio Ambiente, red que conforman 680 instituciones de educación superior en el mundo, y que tiene presencia en 102 países.

En julio de 2018, Adolfo Meisel Roca empieza su periodo como rector de la Universidad del Norte.